Ograniczenia w przetwarzaniu sensorycznym u dziecka autystycznego mają bardziej zróżnicowaną naturę. Po pierwsze, informacje sensoryczne nie są prawidłowo rejestrowane w mózgu. Po drugie, występuje zaburzona modulacja impulsów nerwowych (słabsza wewnętrzna kontrola). Po trzecie, część mózgu odpowiedzialna ‘za wolę’, zwłaszcza w odniesieniu do nowych lub nietypowych procedur, nie działa prawidłowo, więc dziecko nie przejawia zainteresowania wykonywaniem czynności terapeutycznych jak byśmy chcieli. Stąd wniosek, że w przypadku autyzmu nie zawsze objawy zewnętrzne są bezpośrednio związane z zaburzeniami SI a terapia nie do końca skuteczna. Co nie wyklucza koniecznego wsparcia sensorycznego (nie tylko terapią SI). Są inne jak: Delecato, HANDLE… W autyzmie występuje 'odmienność działania mózgu’. Przyczyny tej odmienności nadal są badane. Przykładowo w badaniach immunocytochemicznych zauważono dysfunkcje kilku ważnych neuroprzekaźników w mózgu. To jest serotoniny, acetylocholiny z punktu SI bardzo istotnych.
W terapii nie ma postępu tak ‘od ręki’, jeśli są już po miesiącu tzn.…, że dziecko nie maiło zaburzeń SI. Często terapeuta prowadzący po około 4 miesiącach zaczyna modyfikować ‘program wsparcia’, bo już powinno coś się dziać (o dziwo niekoniecznie zawsze lepiej, ale to daje wyobrażenie o zachodzących procesach terapeucie i pozwala podjąć bardziej celowane decyzje – z powodu właśnie ‘zagadkowości’ działania dziecka autystycznego).
Często w przypadku autyzmu nie mamy „czystego” doczynienia z zaburzeniami SI. Zaburzone przetwarzanie sensoryczne jest skorelowane z zachowaniami trudnymi. Przykładowo ‘gryzienia dłoni’ w euforii i/lub w 'nerwach’ nie jest do końca zaburzeniem sensorycznym. Jest 'zachowaniem trudnym’. Jeśli zachowanie to jest niepożądane można spróbować je przemodelować. Gdyby rozpatrywać gryzienia, jako 'problem sensoryczny’ dziecko by takie zachowania prezentowało niezależnie od sytuacji i stanów emocjonalnych. Do rozważenia również byłoby czy to sprawa ust czy samej ręki.